O Cão da Serra da Estrela é conhecido por ser uma raça robusta e resistente, globalmente saudável, com um forte sistema imunitário e uma longevidade média entre os 12 e os 14 anos - fruto da prática ancestral de criação, ao longo de séculos, pelos pastores, que copia a selecção natural.

No entanto, como qualquer outra raça, pode ter alguma predisposição para certos problemas de saúde. O mais comum é a displasia da anca mas outros, entre os quais a displasia do cotovelo, a cardiomiopata dilatada e a torção de estômago, têm alguma expressão na raça.